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转录和蛋白质组联合分析
遗传物质从DNA、RNA到蛋白质的过程中，受到不同水平的表达调控。如表观调控、转录调控、翻译调控等。mRNA的研究只能在转录调控水平上进行研究，结合蛋白质组学研究可以比较分析基因在转录和翻译不同水平的调控机制。蛋白质组学研究，即把一个样品中表达的大多数蛋白质进行精确定量和鉴定。
iTRAQ和label-free是目前定量蛋白质组学常用的技术。iTRAQ技术是由AB Sciex和Thermo公司研发的蛋白体外标记定量技术，利用多种同位素特异性标记蛋白的氨基集团，进行质谱串联分析，比较不同样品蛋白质的相对含量。非标定量法（label-free）是一种不依赖于同位素标记的新型蛋白质定量技术，通过比较质谱分析次数或质谱峰谱强度，分析不同样品蛋白的数量变化。iTRAQ具有蛋白通量高、覆盖度高，定量准确、可信度高，分离能力强、分析范围广、定性结果可靠，自动化程度高、分析时间快、分析效果好等优点。
转录组和蛋白组联合分析方案
案例展示：
整合分析表明A. flavus的生物学途径与次生代谢途径的转录组与蛋白组的相关性受温度的影响
Integrative analyses reveal transcriptome-proteome correlation in biological pathways and secondary metabolism clusters in A. flavus in response to temperature.
实验材料：A. flavus strain NRRL 3357
测序策略： Illumina HiSeq 2000 sequencer（RNA-seq）， Shimadzu HPLC system(iTRAQ)
研究结果：
共鉴定出3886个蛋白质，并对2832个蛋白质进行了可靠定量。664个蛋白质在温度变化时差异表达，差异表达蛋白中翻译相关途径、代谢途径和次生代谢产物的生物合成等pathway富集。蛋白质谱的变化与相应转录水平的改变相一致，表明转录后过程在黄曲霉蛋白水平的调节中起着关键作用。黄曲霉毒素生物合成相关蛋白和转录本的表达谱表明，在28 ℃时，大多数基因在蛋白和转录水平上都有上调。这些结果为黄曲霉在有利温度和不利温度下的蛋白质组学研究提供了全面的定量数据。
遗传物质从DNA、RNA到蛋白质的过程中，受到不同水平的表达调控。如表观调控、转录调控、翻译调控等。mRNA的研究只能在转录调控水平上进行研究，结合蛋白质组学研究可以比较分析基因在转录和翻译不同水平的调控机制。蛋白质组学研究，即把一个样品中表达的大多数蛋白质进行精确定量和鉴定。
iTRAQ和label-free是目前定量蛋白质组学常用的技术。iTRAQ技术是由AB Sciex和Thermo公司研发的蛋白体外标记定量技术，利用多种同位素特异性标记蛋白的氨基集团，进行质谱串联分析，比较不同样品蛋白质的相对含量。非标定量法（label-free）是一种不依赖于同位素标记的新型蛋白质定量技术，通过比较质谱分析次数或质谱峰谱强度，分析不同样品蛋白的数量变化。iTRAQ具有蛋白通量高、覆盖度高，定量准确、可信度高，分离能力强、分析范围广、定性结果可靠，自动化程度高、分析时间快、分析效果好等优点。
转录组和蛋白组联合分析方案
案例展示：
整合分析表明A. flavus的生物学途径与次生代谢途径的转录组与蛋白组的相关性受温度的影响
Integrative analyses reveal transcriptome-proteome correlation in biological pathways and secondary metabolism clusters in A. flavus in response to temperature.
实验材料：A. flavus strain NRRL 3357
测序策略： Illumina HiSeq 2000 sequencer（RNA-seq）， Shimadzu HPLC system(iTRAQ)
研究结果：
共鉴定出3886个蛋白质，并对2832个蛋白质进行了可靠定量。664个蛋白质在温度变化时差异表达，差异表达蛋白中翻译相关途径、代谢途径和次生代谢产物的生物合成等pathway富集。蛋白质谱的变化与相应转录水平的改变相一致，表明转录后过程在黄曲霉蛋白水平的调节中起着关键作用。黄曲霉毒素生物合成相关蛋白和转录本的表达谱表明，在28 ℃时，大多数基因在蛋白和转录水平上都有上调。这些结果为黄曲霉在有利温度和不利温度下的蛋白质组学研究提供了全面的定量数据。
