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lncRNA测序

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lncRNA测序
长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)高通量测序,采用去核糖体链特异性建库方法,对长链非编码 RNA、mRNA 、环状RNA等大RNA测序研究,快速全面准确地获得与特定生物学过程所有大RNA转录本数据信息,针对有参考基因组样本开展准确的lncRNA鉴定和lncRNA靶基因预测,同时提供针对测序数据中mRNA的分析,结果更全面,广泛应用于医学、农学研究领域。
产品优势
丰富的项目经验:已完成数千例样本分析;
实验严谨:样品起始量低至200ng,且可承接人、鼠、动植物样品、FFPE样品;
结果可靠:多种预测方法取交并集,结果更加可靠; 
数据深入挖掘:一次测序即可获得mRNA和lncRNA、circRNA及关联数据分析结果,包含mRNA定量&注释&功能结构分析,lncRNA靶基因及功能分析,circRNA预测及功能分析, 以及lncRNA-mRNA互作结果可视化。
产品应用
 
信息分析内容
 标准信息分析
(1) 基本数据统计:
① 去除接头序列、低质量序列得到clean data
② 与核糖体数据库比对,去除核糖体RNA数据
(2) lncRNA & mRNA鉴定
① 转录本组装
② 鉴定已知转录本(包括已知lncRNA,mRNA)
③ 预测新转录本(包括新的lncRNA,mRNA)
(3) lncRNA & mRNA定量分析
① 已知和新的lncRNA & mRNA定量分析
② 样本间差异分析(至少2个样本)
③ 组间差异分析(至少2组样本,每组至少3个生物学重复)
④ lncRNA & mRNA 表达/差异表达聚类分析
⑤ lncRNA & mRNA 表达时间序列分析(至少需要3个时间点的样本,或者3种不同
处理方式的样本)
(4) lncRNA功能预测
① lncRNA靶基因预测
② miRNA前体预测
③ lncRNA家族预测
(5) mRNA功能注释
① 数据库注释
② 差异表达mRNA的GO和Pathway富集分析
(6) mRNA结构分析
① 可变剪切分析
② SNP/Indel分析
   高级分析:
(1) lncRNA靶基因GO和Pathway富集分析
(2) lncRNA及靶基因互作网络分析
 
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