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动植物基因组重测序
在不依赖参考基因组的情况下对某物种进行基因组测序及拼接组装，从而绘制该物种的全基因组序列图谱。基因组测序不仅可以获得该物种的全基因组序列图谱，同时也为后续物种起源进化及特定环境适应性的研究奠定了基础。根据基因组的复杂程度，基因组可分为简单基因组和复杂基因组。
科学方案设计
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简单基因组de novo 测序 |
复杂基因组de novo 测序 |
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纯二代 |
基于顶尖组装水平，简单或复杂基因组高质量组装 |
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文库类型 |
小片段文库：250 bp/450 bp |
小片段文库：250 bp/350 bp/450 bp |
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样本要求 |
DNA总量>400ug |
DNA总量>400ug |
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测序策略与深度 |
HiSeq PE150 100× |
HiSeq PE150 200× |
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承诺指标 |
哺乳动物和鸟类基因组：contig N50≥40 Kb |
contig N50≥20 Kb |
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组装策略（推荐） |
二代、三代混合拼接 |
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测序策略与深度 |
二代小片段（100×）+三代（40×）+10X Genomics |
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承诺指标 |
contig N50≥500 Kb |
contig N50≥200 Kb |
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全三代拼接 |
全三代结合新技术，组装水平达到新高度 |
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测序策略与深度 |
三代（80×）+10x Genomics／BioNano／ChiCago |
三代（100×）+10X Genomics／BioNano／ChiCago |
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承诺指标 |
contig N50≥1 Mb |
contig N50≥500 Kb |
生物信息分析：
基因组序列是研究物种分子生物学的基础，通过全基因组de novo测序，可得到物种全基因组序列图谱，通过比较基因组学分析可对物种进行基因家族分析，系统进化分析，正选择分析和共线性分析。
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De novo 测序 |
分析内容 |
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组装 |
组装策略 |
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注释 |
重复序列注释 |
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生物学分析 |
比较基因组学分析 |
基因家族分析 |
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个性化分析 |
针对物种自身特点 |
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有参考基因组de novo 测序 |
特有基因检测 |
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变异检测 |
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