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Chip测序
ChIP-seq采用特异性抗体对目的蛋白进行免疫沉淀后，分离与其结合的基因组DNA片段，并通过高通量测序，在全基因组范围内寻找目的蛋白特异结合的DNA位点，且可基于多个样品进行差异比较分析及特异蛋白结合位点的序列偏好性分析。目前已广泛应用于人、小鼠、酵母、水稻、拟南芥等物种的研究。生物信息分析：
| 分析内容 | 解决问题 |
| 测序数据质量评估 | 过滤掉低质量数据，保证数据质量 |
| 与参考基因组比对 | scc分析，判断IP效果 |
| peak峰calling | 分析蛋白结合位点 |
| motif分析 | 蛋白结合序列的偏好性 |
| peak峰相关基因注释 | 寻找蛋白潜在调控基因 |
| 差异peak分析 | 分析不同样本间差异peak峰 |
| 相关基因功能分析 | 相关基因GO, KEGG富集分析 |
