图1 外显子测序分析流程 a. 变异寻找,利用bwa-mem和GATK进行 b. 变异注释、过滤和筛选,其中序列覆盖度<15,变异质量<20被过滤,进一步稀有变异和可能具有功能或造成功能变化的基因被保留。 c. 显性遗传基因过滤,群体中所有个体都有的基因中的稀有变异会被考虑调查,当具体某个家庭特殊的分析中,只有家庭内的所有个体均包含的变异会被考虑。 d. 通路分析,Ingenuity Variant Analysis为之前过滤的结果提供了显著通路注释,其中P-value通过和已有表型涉及基因进行重跌的Fisher检测,只有P<0.01的通路用于进一步分析。 e. GWAS分析,结合已有早产相关GWAS数据,包括来自23andMe的43,568个欧洲血统的母亲数据,来自Nordic的4,632个欧洲血统的母亲数据以及来自芬兰北部的608个经过质量控制的母亲数据。利用Illumina 人类CoreExome芯片进行基因分型,并利用ShapeIT2和IMPUTE2进行prephasing和imputation,关联分析通过SNPTEST v2.5.2完成。 f. 实验验证,通过桑格测序、体外实验功能验证、蛋白质模型预测、Western blotting以及qPCR进行等进行验证。